De KOC-scholen hebben ieder een medezeggenschapsraad (MR) en er is een gemeenschappelijke medezeggenschapsraad (GMR). In de MR praten gekozen vertegenwoordigers van ouders en teamleden met de directeur, die het bevoegd gezag vertegenwoordigt. In de GMR praten MR-leden van beide scholen met het bestuur. Het bestuur legt voorgenomen bestuursbesluiten aan de raden voor, voor advies of instemming, afhankelijk van het onderwerp. Daarnaast adviseren de medezeggenschapsraden ongevraagd aan directeuren en bestuur. Er is een GMR-reglement volgens een landelijk model waarin de werkwijze precies bescheven is. Ouders en medewerkers hebben zodoende inspraak in het beleid van de scholen en van de stichting. Omdat KOC een kleine, transparante stichting is zijn de lijnen kort en de verhoudingen informeel.
